2005年7月，蒲公英中學籌備處開始試運營。學校于2006年1月獲得教育系統(tǒng)的辦學許可證，并且在民政系統(tǒng)正式注冊為民辦非營利組織，成為北京市第一所，也是唯一一所服務于流動兒童義務教育的公益性、非營利性學校。2017年，民政系統(tǒng)評定學校為AAAAA級公益組織。

蒲公英中學學校實行理事會指導下的校長負責制。理事會成員由事業(yè)有成，熱衷于回饋社會、關注教育的志愿者組成。學校內部日常事務由黨支部、議事會和學術委員會負責管理。常務理事會和工會對與教職員工相關的重大問題進行討論和決策。財務管理上，學校秉持高度專業(yè)、高度透明的原則，最大效益地使用學校的公共財產。每年發(fā)布《蒲公英中學年報》，公布業(yè)務活動和年檢信息。平時捐物捐款信息每周更新，在學校網(wǎng)站披露。

使命：教育公平與優(yōu)質教育合一。

校訓：自信、樂群、求真、創(chuàng)造。

理念：

- 人民教育家陶行知先生的“愛滿天下”之精神是蒲公英中學師生安身立命之本。

-“千教萬教教人求真，千學萬學學做真人” 的真諦是辦學的宗旨。

- 相信教育改變命運，親手創(chuàng)造公平機會。

- 思想與行動古為今用，洋為中用，尋找真知灼見，致知在格物。

- 事無巨細，呵護師生的尊嚴與個性。

- 在教書中育人，在育人中改變世界；遠處著眼，近處著手。

- 一個都不能少。

- 學校成功的唯一標志是學生身心健康地成長，成為正人君子，并有能力回饋社會。學校也成為教職員工實現(xiàn)人生價值的寬廣平臺。

蒲公英中學是一所承擔義務教育的民辦學校，提供初中階段的課程，其中語文、歷史和思想品德使用教育部統(tǒng)編教材，其它科目采用人民教育出版社的教材。學校對全套教育部規(guī)劃的課程開全開足，并且開發(fā)了針對學生需求的特色校本課程。在學校完成了初中三年級課程的學生，參加北京市統(tǒng)一進行的高中入學考試。此外，每學期學生通過參加至少一個興趣小組的活動，品驗興趣，發(fā)展?jié)撃?，提高修養(yǎng)。

來蒲公英中學就讀的學生及其家長，就加入了蒲公英社區(qū)。這是一個非常獨特的社區(qū)，學校的誕生和發(fā)展都得力于蒲公英社區(qū)的六位一體，大家目標求同，缺一不可，與孩子們共同成長。學校設立家長委員會，參與學校對教育的討論和改進。

學校座落在北京市大興區(qū)西紅門鎮(zhèn)老三余村，位于南四環(huán)與南五環(huán)之間，南中軸線西側。簡樸實用的校區(qū)占地十六畝，建筑面積16,570平方米。寬敞明亮的通用教室、裝備齊全的物理、化學、生物實驗室、史地實驗室、電腦工作室、書法工作室、美術工作室、新能源學習室、圖書館、教研中心、風雨操場、樂舞中心、中華非遺工坊、食育廚房等一應俱全，還有辦公室、近一百間宿舍，食堂、心理健康咨詢室、屋頂花園、操場等配套設施。這里為學生的寄宿學習生活創(chuàng)造了必要而充足的條件。由志愿團隊義務承擔的校園設計是社會大愛的匯聚。每一個功能房間或區(qū)域都以捐贈者選擇的名字命名，每一個命名背后都是一個催人成長的真實故事。孩子們踏進校園的第一步，心靈就已經在這獨一無二的學習環(huán)境中開始接受溫潤的滋養(yǎng)。